แม้จะเป็นการออกกำลังกายที่ปลอดภัย และดีต่อสุขภาพ แต่การว่ายน้ำก็มีข้อควรระวัง ซึ่งผู้ว่ายน้ำควรทราบ เพื่อป้องกันปัญหาอื่น ๆ ตามมาภายหลัง ได้แก่

• ท้องเสีย สระว่ายน้ำส่วนใหญ่มักจะไม่ค่อยได้ทำความสะอาดทุกวัน ดังนั้น จึงกลายเป็นแหล่งสะสมของเชื้อโรคอันตรายเช่น เชื้อคริพโตสปอริเดียม (Cryptosporidium) เชื้อไกอาเดีย (Giardia) เชื้อชิเกลลา (Shigella) เชื้อโนโรไวรัส (Norovirus) หรือแม้แต่เชื้ออีโคไล (E.Coli) ที่ส่งผลให้เกิดอาการท้องเสียเรื้อรัง หากร้ายแรงก็อาจทำให้เกิดการติดเชื้อในกระแสเลือด จนเป็นอันตรายถึงชีวิตได้
• หูชั้นนอกอักเสบ (Otitis externa) เป็นอาการที่พบได้บ่อยในผู้ที่ว่ายน้ำเป็นประจำ เนื่องจากน้ำในสระว่ายน้ำเข้าไปขังในหู และน้ำเหล่านั้นที่มีเชื้อแบคเรียจะเข้าไปทำให้ติดเชื้อ จนเกิดอาการคัน ปวดหู และมีอาการบวมภายในช่องหู บางรายอาจมีหนองไหลออกมาจากหูได้ ในกรณีผู้ที่เคยมีหูชั้นกลางอักเสบอาจส่งผลให้เกิดหูชั้นนอกอักเสบได้ ควรใส่ที่อุดหูเพื่อลดความเสี่ยงการติดเชื้อ
• ปัญหาเกี่ยวกับระบบทางเดินหายใจ เชื้อโรคที่เจือปนในสระว่ายน้ำอาจทำให้ผู้ว่ายน้ำติดเชื้อในทางเดินหายใจได้แบบไม่รู้ตัว โดยที่อาจพบได้คือ โรคลีเจียนแนร์ (Legionnaires Disease) ซึ่งจะก่อให้เกิดอาการไอ หายใจสั้น เจ็บหน้าอก มีไข้ หนาวสั่น และปวดกล้ามเนื้อ โดยโรคนี้จะเป็นอันตรายมากหากเกิดขึ้นในผู้ป่วยอายุ ผู้ที่ปัญหาเกี่ยวกับปอด หรือมีปัญหาเกี่ยวกับระบบภูมิคุ้มกัน